Polyksena Lahdi: MÖ 6. yüzyıla tarihlenen, Troya'nın en eski figürlü lahdidir. Üzerindeki kabartmalar, dönemin cenaze ritüelleri ve mitolojik anlatıları hakkında önemli bilgiler sağlar.
Troya Hazineleri: Yurt dışından geri getirilen altın takılar ve değerli eserler, Troya'nın zenginliğini ve antik dönem kuyumculuk ustalığını gözler önüne serer. Bu parçalar, müzenin en çarpıcı koleksiyonunu oluşturur.
Luvice Mühürler: Troya'nın farklı katmanlarında bulunan Luvice mühürler, bölgedeki erken yazı sistemleri ve idari yapıya dair benzersiz kanıtlar sunar. Hitit İmparatorluğu ile Troya arasındaki güçlü kültürel bağları pekiştirirler.